一種高通量RNA結(jié)構(gòu)測定方法

《自然—方法學》近日刊文，描述了一種高通量RNA結(jié)構(gòu)測定方法——“片段化測序”法（Fragmentation sequencing ，F(xiàn)ragSeq）。

RNA對基因表達和基因組穩(wěn)定性的調(diào)控作用成為近來研究的熱點，而弄清RNA二級結(jié)構(gòu)是理解RNA功能的*個必要步驟。測定非編碼RNA結(jié)構(gòu)的經(jīng)典方法是化學法和酶法，但是它們一次只能測定一個RNA分子，這種方法不僅費力而且對技術(shù)要求高。FragSeq法卻可以在整個轉(zhuǎn)錄組水平同時對大量RNA進行結(jié)構(gòu)測定。
該研究利用核酸酶P1將小鼠RNA進行片段化，得到20–100-nt 大小片段；之后在片段的5"-PO4和3"-OH端分別加上接頭，通過逆轉(zhuǎn)錄和PCR擴增之后，構(gòu)建FragSeq文庫并對其進行深測序。為了保證文庫片段均是由核酸酶P1剪切產(chǎn)生，薩拉馬等設置了兩個對照組：一組RNA不使用核酸酶P1處理來估算由內(nèi)源降解產(chǎn)生5"-PO4基團的片段數(shù)，另一組則多加了T4連接酶處理RNA，以此來計算不產(chǎn)生5"-PO4基團的片段數(shù)。通過凝膠電泳分離出目標片段。zui后薩拉馬等利用一種軟件，可以將大量測序結(jié)果格式化，使其能夠被一種RNA預測軟件讀取，進而預測出RNA二級結(jié)構(gòu)。

相關(guān)研究由美國加州大學圣克魯茲分校霍華德·休斯醫(yī)學研究院教授索菲·薩拉馬（Sofie Salama）所領(lǐng)導的課題組完成。